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于是一個免疫學(xué)的新理論克隆選擇學(xué)說（cloneselectiontheory）于1958年由澳大利亞學(xué)者F.Burnet提出。該學(xué)說認(rèn)為：體內(nèi)存在識別各種抗原的免疫細(xì)胞克??；抗原通過細(xì)胞受體選擇相應(yīng)的克隆重并使之活化和增殖，變成抗體產(chǎn)生細(xì)胞和免疫記憶細(xì)胞；胚胎時期與抗原接觸的免疫細(xì)胞可被破壞或抑制，ELISA試劑盒稱為禁忌細(xì)胞株（forbiddenclone）；部分免疫細(xì)胞可因突變而與自身抗原起反應(yīng)。這個理論雖不十分完善，但解釋了大部分免疫現(xiàn)象，為多數(shù)學(xué)者所接受并被后來的實驗所證明，可以說是一個劃時代的免疫學(xué)理論。
嗣后，細(xì)胞免疫以一個嶄新的面貌再度興起。1956年B.Glick發(fā)現(xiàn)了腔上囊的作用，1961年J.Miller發(fā)現(xiàn)了胸腺的功能，1966年H.Claman等人區(qū)分出B細(xì)胞與T細(xì)胞，并且發(fā)現(xiàn)了它們的免疫協(xié)同作用，以后又相繼發(fā)現(xiàn)了T細(xì)胞中不同的亞群及其鑒定方法，ELISA試劑盒以及免疫細(xì)胞間樸素作用的機制和主要組織相容性復(fù)合體限制性。
同時，體液免疫繼續(xù)向縱深發(fā)展。自40年代初確認(rèn)抗體是血清丙種球蛋白之后，1950年R.Porter用蛋白酶水解獲得了抗體的片段，G.Edelman用化學(xué)斷裂法得到了抗體的多肽鏈，共同證明了抗體的分子結(jié)構(gòu)；60年代統(tǒng)一了免疫球蛋白的分類和名稱；1957年G.Kǒhler和C.Milstein等人用B細(xì)胞雜交瘤技術(shù)制備出單克隆抗體；1978年S.Tonegawa發(fā)現(xiàn)了免疫球蛋白的基因重排。
80年代以來，眾多的細(xì)胞因子相繼被發(fā)現(xiàn)。ELISA試劑盒對它們的受體、基因及其生物活性的研究促進了分子免疫學(xué)的蓬勃發(fā)展，有人稱之為“分子免疫學(xué)時期"，但從理論上并未突破克隆重選擇學(xué)說，只是從技術(shù)手段上把免疫學(xué)研究推向一個新水平。